Un protocolo agregado al Tratado de Amsterdam permitió la integración de las innovaciones aportadas por Schengen a la Unión Europea. Primer ejemplo concreto de cooperación reforzada entre trece Estados miembros, el espacio Schengen se incorpora al marco jurídico e institucional de la UE y se beneficia de un control parlamentario y jurisdiccional. El objetivo de libre circulación de las personas, inscrito a partir del Acta Única Europea de 1986, se logra garantizando al mismo tiempo un control parlamentario democrático y poniendo a disposición de los ciudadanos recursos juridiciales cuando se cuestionan sus derechos (Tribunal de Justicia u órganos jurisdiccionales nacionales según los ámbitos).
Para llegar a esta integración, el Consejo tomó distintas decisiones de la Unión Europea. En primer lugar, como lo preveía el Tratado de Amsterdam, el Consejo sustituyó al Comité ejecutivo creado por los Acuerdos de Schengen.
El 1 de mayo de 1999 el Consejo fijó las modalidades de la integración de la Secretaría de Schengen en la Secretaría general del Consejo, en particular, en lo relativo al personal empleado por aquélla [Diario Oficial L 119 de 07.05.1999].
En consecuencia, se crearon nuevos Grupos de Trabajo para ayudar al Consejo a administrar la situación.
Una de las tareas más importantes del Consejo de cara a la integración del espacio Schengen, fue seleccionar, entre la normativa y las medidas adoptadas por los Estados signatarios de estos acuerdo intergubernamentales, las que constituían un verdadero acervo, es decir, un conjunto de actos que deben conservarse para permitir proseguir la cooperación emprendida. El 20 de mayo de 1999 se aprobó una lista de los elementos de los que se compone el acervo así como la definición para cada uno de ellos de la base jurídica correspondiente en los Tratados europeos (Tratado CE o tratado sobre la UE) [Diario Oficial L 176 de 10.07.199, rectificación: Diario Oficial L 9 de 13.01.2000]. Estos elementos se publican en el Diario Oficial excepto los datos confidenciales.
Esta publicación es tanto más importante cuanto que forman parte de las normas jurídicas que los países candidatos a la adhesión deben incorporar a su legislación nacional.
Hay que tener en cuenta que si bien el espacio Schengen incluye a trece Estados miembros, Irlanda y el Reino Unido tienen la posibilidad de asociarse más tarde. Además, aunque ya signatario del Convenio de Schengen, Dinamarca podrá elegir en el marco de la UE aplicar o no toda nueva Decisión tomada sobre la base del acervo de Schengen.